深圳证券市场的管理架构是一种由政府严格管理和市场参与者自律相结合的模式，政府的管理是维护市场的“公开、公平、公正”三原则的主要力量。
深圳证券市场上证券的发行和交易由深圳市证券市场领导小组领导，中国人民银行深圳经济特区分行负责管理，人民银行深圳分行是深圳证券市场的主管机关。
最早,深圳证券市场是由人民银行深圳分行独家负责管理的。市场上发行和流通的主要是国库券，以及少量的金融债券、企业债券。1987- 1989年间，虽发行了“发展”、“万科”、“金田”、“安达”四家股票，但交易量很少，出现的问题少，市场的管理比较简单。但为了拓展股票市场，搞好试验，协调股票发行与交易的有关事务，1988年成立了资本市场领导小组。
到1990年,证券市场特别是股票市场的规模迅速扩大，市场已由以债券为主转向以股票为主，交易和投资非常活跃，市场出现的问题也日益复杂。为加强对证券市场的领导和管理，深圳市人民政府在原有资本市场领导小组基础上,于1990年7月批准设立深圳市证券市场领导小组。
证券市场领导小组下设办公室，主持日常事务工作;人民银行深圳分行的证券管理业务也从金融管理处分离出来单独设立证券管理处。至此，深圳证券市场的领导和管理架构基本形成。
证券市场领导小组是深圳证券市场的最高决策机构，负责规划证券市场发展的前景，制定有关证券市场的方针、政策、法规等，对市场发展和管理的重大措施作出决策。
证券市场领导小组由深圳市政府一位副市长牵头，由人民银行深圳分行、深圳市体改委、投资管理公司、工商局、税务局、财政局、监察局、审计局和深圳证券交易所联合组成。常设机构是证券市场领导小组办公室。
证券市场领导小组主要是从宏观上领导和管理深圳证券市场，它的主要职责包括:
(1)在深圳市政府的领导下，领导和推动深圳市证券市场的筹建和发展;
(2) 制订深圳证券市场的有关方针、政策、法规及工作计划等，并对实施情况进行检查和指导;
(3)审批 的发行计划和资信,研究制订发行方式，查处证券业的违法行为;
(4)定期或不定期向深圳市政府报告证券市场发展情况，提出解决问题的措施和建议。
中国人民银行深圳经济特区分行是深圳证券市场的主管机关，在深圳发行和交易的债券和股票都由它负责管理。人民银行深圳分行管理证券市场的目的在于，保护投资者的合法权益，维护公开、公平、公正的市场原则，维护深圳证券市场的健康运作。
为此，它在规定范围内必须依法管理和审批证券的发行和交易。主管机关管理证券市场的工作主要有三大块，第一是发行市场的管理，第二是交易市场的管理，第三是对 和证券经营机构的监管。
具体说来，其主要职能有:
1.在市证券市场领导小组的讨论决策下，办理对股票和债券(主要是企业债券)发行的批准管 理和监督事务;
2.证券投资信托、证券融资和证券投资咨询业务的批准、管理和监督;
3.深圳证券交易所、深圳证券登记有限公司和证券商的设立审批和对其业务活动的管理和监督;
4.与股份有限公司运作相关的检查和监督;
5.证券市场的调查统计和分析;
6.证券管理法规的拟议并为已公布的证券管理法规制定相关的实施细则;7.证券发行、交易价格及收益率的监督管理。
