在银行进行股票交易，最大的优势在于风险较小，在证券公司进行股票交易，手续费便宜，下单速度快，但有其他的风险存在。仔细分析，会发现两者在收费、服务、交收、可靠程度及财政实力方面，各有其特点。
(一)手续收费
以手续收费比较，证券公司的收费一般比银行的便宜，而且灵活，证券公司一般是由经纪与客户商议确定手续费标准，并在合约中加以明确。银行的收费标准则依交易量而定，交易量愈大，收费率就愈低。2001年以来，由于激烈的市场竞争和网上交易的兴起，各证券公司与银行都在以优惠费率吸引客户。目前大部分证券公司与银行都是按最低佣金标准2.5%收费的。
(二)服务质量
一般来说，证券公司能提供较全面的专业服务，有固定的经纪人可以为客户提供较专业的贴身服务，为客户提供更多的额外投资机会。相反，银行的服务有限，要为客户提供上述服务存在一定困难，而且手续繁琐。此外，银行方面大多没有固定的经纪，难以为客户提供个性化服务。
(三)现金或股份交收
交收方面，银行与证券公司各有优劣。客户在银行进行交易前先存钱入储蓄户口，因而杜绝客户以不足的本金来进行买卖的投机举动，也限制客户不可以即日完成买卖。也有个别银行为客户而设的交收程序比较麻烦，不利投资者随时改变投资组合。
相反，许多证券公司仅指定保证金客户在完成交易后三个交易日内(包括交易当天)付清交易金额(即T+2制度)。这一规定令客户有更多时间准备资金。个别证券公司甚至允许客户先买后卖，在T+2的情况下，仅付或取净数金额，令交收手续化繁为简。不过，现金户口的客户则须用支票方式或自行转账的方式缴付交易金额，手续比银行的繁杂。
(四)可靠性
就可靠性来说，银行更胜一筹。由于银行的经纪、下单，交收等过程全部独立运作，各个独立的交易和交收部门都会尽力审核对方的交易盘账目，以免对方的错误资料妨碍整体运作。这种运作方式可避免经纪人操守不佳的现象。证券公司则难杜绝这类现象的发生，尽管随肴AMS系统的完善，大大减少了股票交易过程可能发生的漏洞，但仍存在从业人员操守不佳的现象，如挪用客户资金等不诚实现象。
(五)财政实力
银行有着雄厚的财政实力，银行一般设有专门的证券部接受客户委托买卖股票。由于这些证券部是银行的独立部门，专户管理，其经营风险秉承银行稳健的作风。证券公司则不会局限于佣金收入，还会提供融资服务以赚取保证金客户的息差。但当个别客户无力偿还款项时，证券公司便要代为偿还，然后再慢慢循法律途径追讨债款。这无疑增加了证券公司经营风险。
