未注册的投资公司如何向投资者收取费用实际上是不受管制的，但基金必须在事先说明这些费用，必须将其公平地分配给各个层次的投资者，而且应该在各个不同时期按不同的标准计算。对冲基金收取的费用相比注册的投资公司收取的费用要高得多，而且计算更复杂。
1.管理费用。
对冲基金以其管理的资产为基础计算固定的费用，这个费用通常是每年1%~2%,但是这些费用一般是按月计算的(至少与允许投资者进入或退出基金的期间频度差不多),例如，一个基金每年收取2%的费用，那就是每个月要收取资产的0.1667%(2%/12),这个费用是以资产净值为基础计算的。基金的盈或亏都会影响这项费用。
这里用了“净资产价值”这个词，实际上费用的计算基础是投资者在基金中的权益，也就是资产总额减去负债以后的净值。基金经理可以计算基金的总费用或者分别计算每一个投资者的费用，这种计算的依据是保存的合伙人权益的记录。通常，有限合伙人和普通合伙人的费用计算标准是相同的。
2.激励费用。
对冲基金要收取业绩表现费用，通常是收益的20%,例如，如果一个基金在一个月内赚取了10%的收益，那就要向基金也就是间接地向投资者收取20%的激励费用(不用除以12,因为这是名义上的，不是年度的收益),在一般情况下，如果基金在接下来的几个月里遭受损失，就不能收取这项费用。几乎所有的对冲基金经理都收取管理费用和激励费用。下面介绍几种不经常计算的费用。
3.退出费用。
退出费用(surrender fee)是以投资者赎回金额的一个百分比计算的一项费用。有时，由于赎回引起对资产变现的需求而发生交易费用，这项费用补充到基金里，补偿其他的投资者。当这项费用支付给管理公司时，它不仅成为经理的额外收入来源，同时它也成为投资者考虑离开基金的一项障碍。
4. 最低预期报酬率。
最低预期报酬率(hurdle rate)是一个决定激励费用收取与否的变量，低于它，激励费用就不能收取。例如，如果一个基金的最低预期收益回报率是6%(每年),那么，只有当收益率超过6%(或者某个月超过0.5%),才能收取激励费用。
5. 高位标记。
虽然基金受到损失时通常不能返还已收取的激励费用，但此时基金经理不能收取激励费用，以此保护投资者。在一般情况下，收益是由在基金中的一个参与单位的净资产价值决定的。每次净资产价值达到了一个新的水平，就要计算激励费用。
当净资产价值减少(损失发生),将不计算激励费用，一直到净资产价值超过可以记提激励费用的最高净资产价值。一些基金对每个投资者都设有高位标记( high watermark) ,当投资者在基金发生损失后追加投资时，就可能对投资者使用多重高位标记。
6.追索费用。
在有些情况下，一些管理公司在收取激励费用后随即发生损失，收益减少，他们就需要退回一部分激励费用，这种费用就叫做追索费用(lookback),这种激励费用的返还一般是在高位标记产生的3个月内发生损失的情况下实行的。
7.其他费用。
如果管理公司向投资者充分说明，他们可以自由提取各种费用。例如：基金管理公司在实施买卖交易时可以收取费用；对于杠杆交易的资产，在进行多空头杠杆交易时可以收取融资费用；有时，经理人向基金收取的佣金比期货经纪商实际收取的佣金还要多。
