在认股权证与股票期权之间并不存在本质性的区别。例如股本权证有稀释效应，公司为激励管理层而发放的股票期权也可以有稀释效应。股票认股权证本质上就是一种股票期权。
不过，从全球现有的认股权证和股票期权在交易所交易中所采取的具体形式看，它们之间大致在如下五个方面存在区别：
(1)有效期。认股权证的有效期(即发行日至到期日之间的期间长度)通常比股票期权的有效期长：认股权证的有效期一般在一年以上，而股票期权的有效期一般在一年以内。股票期权的有效期偏短，并不是因为不能设计成长有效期，而是交易者自然选择的结果。就像期货合约一样，期货合约的交易量一般聚集在近月合约上，远月合约的交易量一般很少，不如不挂。
(2)标准化。认股权证通常是非标准化的，在发行量、执行价、发行日和有效期等方面，发行人通常可以自行设定，而交易所交易的股票期权绝大多数是高度标准化的合约。当然，当前随着IT技术的发展，柜台市场与交易所场内市场出现融合的趋势，柜台市场上的非标准化的股票期权也开始进入交易所场内市场。
(3)卖空。认股权证的交易通常不允许卖空，即使允许卖空，卖空也必须建立在先借人权证实物的基础上。如果没有新发行和到期，则流通中的权证的数量是固定的。而股票期权在交易中，投资者可以自由地卖空，并且可以自由选择开平仓，股票期权的净持仓数量随着投资者的开平仓行为不断变化。
(4)第三方结算。认股权证的结算是在发行人和持有人之间进行，而股票期权的结算，是由独立于买卖双方的专业结算机构进行结算。因此，交易股票期权的信用风险要低于交易认股权证的信用风险。
(5)做市商。认股权证的做市义务通常由发行人自动承担，即使没有得到交易所的正式指定，发行人也通常需要主动为其所发行的认股权证的交易提供流动性，而股票期权的做市商必须经由交易所正式授权。
上面已经看到，全球股票期权的交易量远远大于衍生权证的交易量。现在通过这种比较，容易理解为什么会是这样。显然，在可交易性、信用风险等方面，股票期权要优于认股权证。大致上可以这么说，交易所交易的股票期权就好比是现在的工业化大生产下的高度标准化、正规化的产品，而认股权证则像是手工作坊阶段量身定制的产品。虽然对个别人来讲，量身定制的产品要好于标准化的产品，但是从适用面来讲，就显得窄。但是另一方面，高度标准化的产品也不能完全取代量身定制的产品。
